Résultat Appel d'Offre 2016
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PlastiCor– Evaluation de la contamination par les microplastiques de récifs insulaires antillais et polynésiens - Porteur : Claude Bouchon (UA)

Les microplastiques sont devenus un élément majeur de la contamination des océans au niveau mondial. Le niveau de contamination des écosystèmes récifaux et singulièrement ceux de la région Caraïbe est actuellement peu documenté. Des études préliminaires, réalisées cette année en Guadeloupe, ont montré que les eaux baignant les récifs coralliens, ainsi que les coraux, étaient contaminées. Le programme PlastiCor se propose d’estimer le niveau de contamination des organismes récifaux par les microplastiques, en fonction de leur mode de collecte de la nourriture et de leur positionnement au sein de la chaîne trophique. Ces microplastiques seront caractérisés et identifiés, afin de déterminer leur origine (terrigène ou pélagique).

 

PERSIST  - DévelopPement d’outils molEculaiReS pour étudier le fonctionnement des écoSystèmes récifaux et de leurs populaTions - Porteur : Céline Reisser (Ifremer)

Les outils génétiques ont pris de nos jours une place importante dans de nombreux domaines de recherche. En Polynésie, Pinctada margaritifera sert de modèle à de nombreux laboratoires pour répondre à des problématiques de conservation, d’adaptation aux  changements globaux, ou encore d’optimisation des ressources aquacoles. Cependant, les outils moléculaires actuels pour réaliser un bilan génétique à fine échelle sont limités (10 microsatellites). Dans le projet PERSIST, nous proposons de développer la technique RAD-seq sur P. margaritifera et de tester son efficacité à détecter des variations génétiques à fine échelle dans une problématique de conservation dans le lagon de Ahe. PERSIST permettra de poser les bases expérimentales et analytiques de la technique RAD-seq sur P. margaritifera, afin qu’elle puisse être implémentée dans divers projets de recherche en lien avec la santé et l'adaptation des récifs coralliens et des écosystèmes lagonaires aux  changements climatiques et autres stress.

 

TELESNAKE– Etude de l’écologie spatiale et des signaux environnementaux utilisés par les serpents marins grâce à la télémétrie acoustique- Porteur : Claire Goirant (UNC)

Les serpents marins sont des prédateurs importants dans les écosystèmes coralliens du Pacifique occidental. Cependant, les connaissances à leur sujet sont très incomplètes. L’écologie de seulement trois espèces sur les 14 présentes dans les eaux calédoniennes, a été étudiée.

Ce projet concerne l’écologie spatiale de deux espèces qui fréquentent les eaux peu profondes autour de Nouméa : Hydrophis major et Aipysurus duboisii. Nous étudierons les patrons spatio-temporels d’activité de plusieurs individus par télémétrie acoustique dans des baies autour de Nouméa. Cette étude permettra de comprendre la manière dont ces populations de serpents utilisent les différents habitats dans les trois dimensions et quels sont les signaux environnementaux qui déterminent leur présence dans une zone

 

MODIFADN – Le 5ième nucléotide de l’ADN des dinoflagellés – Porteur : Bruno Lapeyre (CNRS)

La survie des récifs coralliens, menacée de par le monde, repose sur la bonne santé des coraux bâtisseurs de récifs. Les coraux sont des animaux symbiotiques qui dépendent strictement de la présence dans leurs tissus d’une algue photosynthétique, Symbiodinium, dont l’ADN présente des caractéristiques très originales : très grande taille, absence d’histones et présence, en plus de ATGC, d’un cinquième nucléotide, la dHmU. Nous déterminerons si le taux de dHmU varie en fonction des espèces coralliennes ou des conditions de croissance des colonies. Nous étudierons les mécanismes de formation de la dHmU chez Symbiodinium et son rôle possible dans la symbiose. Enfin, nous évaluerons si la mesure du taux de dHmU peut constituer un diagnostic prédictif du blanchissement du corail

 

FLAmenCO – Importance des diazotrophes planctoniques pour les coraux sclératiniaires – Porteur : Fanny Houlbrèque (IRD)

Les lagons coralliens oligotrophes abritent de grandes quantités de bactéries et cyanobactéries planctoniques fixatrices d’azote atmosphérique (diazotrophes). En Nouvelle-Calédonie par exemple, les taux de fixation de N2 par ces diazotrophes sont parmi les plus élevés au monde. Il est désormais établi que les coraux, en plus d’être autotrophes, sont également de très importants prédateurs de plancton. Ainsi les organismes planctoniques fixateurs de N2 ou le plancton ayant bénéficié de la fixation de N2, pourraient constituer une source de nourriture pour les coraux au travers de leur nutrition hétérotrophe. Ce transfert potentiel d’azote par l’intermédiaire de la consommation de plancton diazotrophe, ou issu de la diazotrophie, n’a pourtant jamais été étudié ni quantifié et c’est donc l’objet du projet FLAmenCO.

Des incubations de trois espèces de coraux scléractiniaires majeures seront réalisées en présence d’eau de mer : soit de l’eau de mer naturelle contenant du plancton préalablement marqué à l’isotope 15N, soit en présence d’eau de mer filtrée marquée au 15N2. L’utilisation de ces marquages isotopiques couplés à l’analyse en sonde ionique à nano-échelle (NanoSIMS) va permettre de décrypter la contribution de chaque partenaire (i.e. hôte et symbionte) de cette symbiose, in hospite et à l’échelle subcellulaire, dans l’utilisation de l’azote apporté par les diazotrophes planctoniques. Dans un deuxième temps, le même type d’expérimentations sera réalisé sur des coraux blanchis, permettant de déterminer si les coraux sont capables d’augmenter leur nutrition sur des organismes diazotrophes planctoniques pendant un épisode de blanchissement et ainsi couvrir les besoins en azote, qui ne sont plus assurés par les Symbiodiniums.

 

SynTox – Etude de l’effet antifouling et « warm killer » d’une association tri-espèces : origine(s) et nature(s) des molécules impliquées – Porteur : Véronique Berteaux-Lecellier (CNRS-IRD)

Une étude préliminaire, visant à préciser le rôle des assemblages inter-espèces face à l’augmentation de la température de l’eau, a révélé que de l’association des coraux Pocillopora damicornis et Acropora cytherea et le bénitier Tridacna maxima, résulte un effet antifouling systématique et la mort des bénitiers lorsque la température de l’eau augmente. Ce projet s’attache à dévoiler la source et la nature de(s) la molécule(s) responsable(s) de ces effets. Le couplage des données métabolomiques, cytologiques et de métabarcode des algues devraient permettre de cibler l’action antifouling dans la séquence du biofouling. A terme, ce projet pourrait non seulement présenter une valorisation notamment par la production d’un nouvel antifouling naturel, mais également contribuer à la gestion des récifs, en orientant le choix des associations d’espèces

 

Recrutement larvaire – Recrutement des poisons coralliens face aux changements climatiques et à l’aménagement du littoral dans les territoires français d’Indo-Pacifique – Porteur : Valeriono Parravicini (EPHE)

L’objectif du workshop est de discuter entre scientifiques français et étrangers afin de monter un programme de recherche à l’échelle de l’Indo-Pacifique sur la problématique du  recrutement larvaire des poissons face aux changements climatiques et surtout face à l’aménagement du littoral par l’Homme. Durant ce workshop, le recrutement sera discuté dans différentes disciplines : la biologie, l'écologie, la génétique des larves de poissons face aux modifications naturelles ou anthropiques des zones frangeantes, zones de nurserie de nombreux poissons. Le recrutement sera aussi discuté en sciences humaines et sociales afin de savoir comment les populations humaines perçoivent ces zones frangeantes qui bordent leur maison. Ainsi, ce workshop regroupe 90% des ichtyologues français du Labex travaillant dans l’Indo-Pacifique. De plus, ce workshop sera organisé à la suite du colloque "IPFC-2017-Tahiti" réunissant la communauté ichtyologique internationale. Nous inviterons de nombreux participants à notre workshop à Moorea.

 

EEA-VulPaRe2 – Ecole d’été Australe Interdisciplinaire et Internationale sur la Vulnérabilité du Patrimoine Récifale – Porteur : Jocelyne Ferraris (IRD)

L’école d’été de formation/recherche interdisciplinaire EEA VulPaRe est destinée à des doctorants et post doctorants du Sud (majoritairement de l’Océan indien) et du Nord impliqués sur les thématiques de vulnérabilité, patrimoine et/ou écosystèmes coralliens. Elle peut accueillir également des professionnels des affaires maritimes ou de gestion. Elle est organisée en 3 temps : (i) Une partie d’exposés théoriques (4 journées thématiques : Biologie –Environnement ; Exploitation - Gouvernance ; Aspects anthropologiques et sociaux ; Méthodologie). (ii) Une partie pratique sur 3 sites contrastés du sud-ouest de Madagascar. (iii) Une partie de débats interdisciplinaires et analyse des observations in situ entre tous les participants, étudiants et encadrants. Pour la seconde édition 2016, elle est organisée sous l’égide du XVIème sommet de la francophonie qui aura lieu à Madagascar

 

GENNOIR – Génétique de la conservation du requin pointe noire en Polynésie française – Porteur : Stefano Mona (EPHE) – Professeur invité : Giorgio Bertorelle

Ce projet vise à renforcer la collaboration entre le Dr. Stefano Mona et le Prof. Giorgio Bertorelle, qui est expert de génétique de population et de conservation. Le Prof. Giorgio Bertorelle sera invité pour donner des séminaires en génétique de conservation. Nous allons aussi mettre en place un petit projet de génomique de conservation sur le requin pointe noire (Carcharhinus melanopterus) à Moorea. Une première étude a partir des données microsatellites avait montré la présence d’un bottleneck à Moorea. Plus récemment, nous avons séquencé la meme population avec des méthodes NGS (next generation sequencing) de type exon-capture. Pour avoir un aperçu plus complète de la variation génomique du requin pointe noire nous allons produire des données NGS de type RAD-Seq. Nous discuterons des analyses et de l’interprétation des résultats pour découvrir l’histoire de C. melanopterus à Moorea.

 

CORALINE– Comprendre l’association algue coralline - Porteur : Maggy Nugues (EPHE)

Les algues corallines sont, après les coraux, les deuxièmes bâtisseurs des récifs coralliens. Pourtant, leur rôle est loin de se limiter à la construction de l'édifice corallien; elles pourraient avoir un rôle-clé comme attracteur de larves de coraux et contribuer à l’ensemencement du microbiome de ces derniers lors des premiers stades de vie. Le projet CORALINE a pour but de comprendre l’association intime algue coralline - corail. Il propose d’unir observations sur le terrain, expériences en laboratoire et techniques de pointe en génétique, microbiologie et écologie chimique et métabolomique environnementale pour caractériser la nature de l’interaction microbienne et chimique entre ces deux holobiontes. Ces recherches ouvriront de nouvelles portes sur la structuration et le fonctionnement des récifs coralliens, les interactions entre organismes, et le rôle des bactéries et biomolécules dans le milieu marin

 

GesCook – Gestion des espaces coralliens aux Iles Cook : étude de l’adaptation dans un contexte de changement climatique – Laurent Dousset (EHESS)

Ce projet se propose d’aborder la question des fortes perturbations des zones coralliennes (d’origine humaine et naturelle) à partir de l’étude des conditions d’exploitation des espaces coralliens et des lagons aux Iles Cook (Ma'uke, Rarotonga et Manihiki). Il vise à éclairer la manière dont la collecte des représentations locales réalisée par le gouvernement servent à gérer les questions de l’exploitation des ressources, de la pollution des espaces et celle des changements environnementaux. Ce projet sera hébergé par le CREDO (Marseille) et par l’UNC (Nouméa).

 

IchtyoMéla – Le milieu marin et les populations pré-européennes en Mélanésie du Sud. Caractérisation des niches écologiques et culturelles – Eric Conte (UPF)

Une meilleure connaissance de l’histoire des relations entre les hommes et le milieu marin devient chaque fois plus cruciale pour notre compréhension de l’impact de l’homme sur son environnement. Les milieux insulaires sont des sites privilégiés pour appréhender ces relations et l’objectif de cette thèse est de tenter d’y répondre d’une manière novatrice en exploitant les restes de faunes ichtyologiques issus des fouilles menées dans deux archipels de Mélanésie : le Vanuatu et la Nouvelle Calédonie. Il s’agira d’analyser les très nombreux restes ichtyofauniques de sites occupés au cours des trois derniers millénaires selon des méthodes fines telles que les identifications à l’aide de collections de référence très complètes. La reconstitution des peuplements exploités dans le passé fournira d’intéressantes données à comparer avec les actuelles et aussi de juger de la capacité de résilience des écosystèmes récifaux. Parallèlement intégrés à une démarche ethnoarchéologique, ces résultats permettront de mieux comprendre l’exploitation de la biodiversité marine par les communautés insulaires et son évolution à travers le temps

 

 COMIC  - COrail-MICrobiome : Processus évolutifs impliqués dans la réponse adaptative des coraux face aux changements locaux et globaux - Porteur : Chloé Bourmaud (UR), candidate : Caroline Dubé.

La persistance des coraux face aux changements environnementaux dépend essentiellement des mécanismes évolutifs impliqués dans le maintien de leur population. Les algues symbiotiques et les bactéries associées aux coraux influencent les réponses adaptatives de l’hôte. Dans le contexte actuel de changement global, il est donc crucial de déterminer les processus à l’origine de cette association corail-microbiome. Le projet COMIC vise à caractériser et comparer la diversité du microbiome et de leur hôte entre 2 régions biogéographiques. De plus, l’occurrence de clones de Millépores entre divers habitats récifaux permettra d’identifier avec certitude les processus évolutifs régissant l’association corail-microbiome, l’adaptation locale et/ou la plasticité phénotypique. Ce projet permettra de mieux comprendre l’importance du microbiome face aux changements environnementaux.

 

PATHOGEN  - Etude des communautés microbiennes associées aux algues corallines saines et malades par les techniques métabarcoding - Porteur : Claude Payri (IRD), candidate : Gaëlle Quéré.

Les maladies sont reconnues comme une des causes expliquant le déclin des récifs à travers le monde. Les algues corallines qui jouent un rôle crucial dans l’écosystème récifal n'ont pas été épargnées par l'augmentation des maladies et ont subi dans certaines régions des épidémies dévastatrices. La «coralline white band syndrome» et la «coralline white patch disease» sont des maladies répandues mondialement qui ont fait l'objet récemment d'une étude approfondie alliant travail de terrain, laboratoire et histopathologie. Cette approche classique n'a pas permis d'identifier clairement l'origine des maladies soulignant le besoin de recourir à une approche moderne utilisant des techniques de pointe. PATHOGEN propose de réaliser des analyses de métabarcoding afin de comparer les communautés microbiennes de corallines saines et malades provenant de différentes zones géographiques.